Im Zuge der Feierlichkeiten zum 60-jährigen Bestehen der FWG Würzburg wurde Dr. Werner Fischer zum Ehrenvorsitzenden der Freien Wähler – Freien Wählergemeinschaft ernannt.
Dr. Werner Fischer gehörte von 1978 bis 2008 ununterbrochen dem Stadtrat der Stadt Würzburg an, in dessen Tätigkeit er sich stets mit großem Engagement für das Wohl der Würzburger Bürgerinnen und Bürger einsetzte.
Seit 1982 war Dr. Werner Fischer Mitglied der FWG Stadtratsfraktion und für den Schutz des Namens „Freie Wähler – Freie Wählergemeinschaft Würzburg“ sowie für die offizielle Eintragung ins Vereinsregister verantwortlich.
Nach der Kommunalwahl 1984 wurde er Fraktionsvorsitzender der Freien Wähler – Freien Wählergemeinschaft, hat dieses Amt bis zu seinem Ausscheiden im Jahr 2008 begleitet und so die Stadtpolitik entscheidend geprägt.
Der Schwerpunkt der Arbeit von Dr. Werner Fischer lag in den Bereichen Haushalt und Finanzen, Kultur, Schule und Soziales. Sein besonderes Interesse darüber hinaus galt der Ökologie. Von den vielen von ihm (mit)gestalteten Themen sollen hier mit dem Stadttheater, Mozartgymnasium, Röntgengymnasium, Steinbachtal, der Stadtgestaltung, Fußgängerzone Domstraße, Radwege, Baumschutzverordnung, Isotopkartierung und Partnerstadt Mwanza nur einige genannt werden.
Für seine Tätigkeiten wurde Dr. Werner Fischer vom Bayerische Innenminister 2008 mit der Medaille für besondere Verdienste um die kommunale Selbstverwaltung in Silber ausgezeichnet.
Neben der politischen Laufbahn war Dr. Werner Fischer im Vereinsleben der Stadt Würzburg aktiv. Hierzu soll nur das Amt als Vereinsvorsitzender des TSV Grombühl in der Zeit von 1978 bis 2002 sowie das Amt des Sprechers der Arbeitsgemeinschaft Grombühler Vereine genannt werden.
Sein soziales Engagement zeigte Dr. Werner Fischer als langjähriger Vorsitzender, der 1977 von ihm ins Leben gerufenen Elternselbsthilfe „Spatzentruhe e.V.“, die von der Stadt Würzburg zum „Modellprojekt Familienstützpunkt Spatzentruhe“ in Grombühl umgewandelt wurde.
Für die Freie Wähler war und ist der herausragende Einsatz von Dr. Werner Fischer ein Glücksfall: 30 Jahre Stadtrat, 24 Jahre Fraktionsvorsitzender, zweimal OB-Kandidat für die Freien Wähler – Freie Wählergemeinschaft, 10 Jahre (von 1984 bis 1994) Bezirksvorsitzender der freien und unabhängigen Wählergemeinschaften Unterfrankens und als solcher im Vorstand des FW- Landesverbands Bayern e.V. und schließlich seit 1990 bis vor kurzem 1. Vorsitzender der Freien Wähler- Freie Wählergemeinschaft Würzburg e. V.!